В 1712 году Храм Рождества Христова, стоящий на берегу реки Пуя в деревне Болкачевская, сгорел. На месте пожарища в 1729 г. была устроена, и в 1731 г. освящена одноименная церковь. Она просуществовала до 1769 г. и «за ветхостью» была перестроена.

В 1840-1841 годах храм был поновлён.

В 1877 г. по благословенной грамоте епископа Ювеналия от 29 ноября 1875 г. за № 270 храм Рождества Христова был перенесен с прежнего небезопасного для него места на угоре реки Пуи и поставлен рядом с Богородице-Рождественской церковью. Последнюю перенесли на новое место в 1719–1720 гг. То есть церковь Рождества Христова перенесла разборку и последующую сборку. Этим можно объяснить особенности конструктивного устройства и детали Христорождественской церкви, характерные для построек XIX в. Что при этом осталось от первоначальной церкви 1769 г., доподлинно по архивным материалам не известно.

При сборке было использовано много нового строительного материала. Перенос храма не случаен, не зря в 1840–1841 гг. уже проводились работы по выравниванию его сруба, путем подведения каменного фундамента с северной стороны. Судя по всему, тогда не удалось решить этот вопрос окончательно, так как обрушение берега Пуи продолжалось.

В 1877 г. на паперть церкви Рождества Христова была перенесена колокольня. По своему внешнему облику и конструктивному устройству она напоминает колокольни: в Нименьге, Малошуйке, Ворзогорах, Пияле, Турчасово, Поле, Чекуево, Воймозере, Сырье (Ходаковский 2020: 306–314). В какое время была построена колокольня и ее точное место расположение — неизвестны.

Первоначальный храм Рождества Христова относится к типу восьмерик на четверике, традиционное и распространенное по всему русскому Северу композиционное решение деревянного храма XVIII в. Он был срублен на высоком подклете, с западной стороны было устроено высокое одновсходное крыльцо. Основной объем занимал первый этаж храма, включающий: притвор, трапезную, молельное помещение и алтарь. Верхний храм занимал пространство основного четверика, к которому был приставлен небольшой притвор над трапезной. По типу завершения — это шатровый храм. Из архивных документов известно, что шатер был покрыт «чешуйчатым лемехом».
После перестройки церкви Рождества Христова в 1877 г. упоминания о шатровом завершении отсутствуют. Сказано только, что церковь деревянная двухэтажная «об одной главе». Появляется полноценный второй этаж, не уступающий по площади помещений первому.

Основное помещение Христорождественского храма на втором этаже завершается сводчатым потолком с открытым восьмигранным барабаном. В документах после перестройки упоминается «купол, обшитый белым железом». Таким образом, на одном храме за все время его существования соединились архитектурные традиции, свойственные деревянным памятникам различных северных территорий.

Интересная особенность данного церковного ансамбля — церковь Рождества Пресвятой Богородицы является летней, т.е. не имеет отопления, при этом по размерам она существенно уступает большой двухэтажной церкви Рождества Христова, которая, в свою очередь, отапливалась. Среди деревянных церковных памятников XVII–XVIII вв. летние церкви, как правило, были намного больше по объему и выше, нежели небольшие зимние храмы, которые было легко протопить. Почему в данном случае не учитывался этот факт, а церковный ансамбль использовали именно таким образом, в настоящее время остается неизвестным.

На сегодняшний день деревянные храмы в д. Болкачевская находятся в аварийном состоянии. Деревянные церкви Шенкурского района Архангельской области составляют значительную и практически не изученную группу объектов культурного наследия XVIII в.